Hi Reto,
ich habe schon oft die Erfahrung gemacht, dass msconfig allein nicht reicht, um einen "sauberen" Autostart zu garantieren.
Was allerdings immer hilft, ist, die Dienste der entsprechenden Programme/Apps auf den Starttyp "manuell" umzustellen. Das funktioniert seit Windows 95

(frühere Windoof Versionen hatte ich nicht).
Leider kenne ich mich mit Win10 nicht so aus. Unter Win7 findest du die Dienste unter
Systemsteuerung\Verwaltung\Dienste
Stell mal alle Dienste, die von Namen oder Beschreibung her was mit Programmen zu tun haben, welche du nicht brauchst, auf den Starttyp "manuell".
Dazu machst du einfach einen Rechtsklick auf die entsprechende Zeile in der Liste, wählst den Menüpunkt "Eigenschaften" und stellst den Starttyp auf manuell um (übernehmen nicht vergessen).
Nach dem nächsten Systemstart sind diese Dienste dann ausgeschaltet, und werden erst gestartet, wenn du die entsprechende Software aufrufst.
Funzt natürlich nur bei Software, die nicht im Autostart steht
Vielleicht hilft das schon. Und keine Angst, du machst da nix kaputt und solange der Rechner überhaupt startet, kannst du die Dienste ganz leicht auf Standard zurückstellen (zumindest bei Win8(.1), 7, XP und früheren).
Grüße
Olaf